Imuninė sistema – tai rinkinys mechanizmų, apsaugančių organizmą nuo ligų, identifikuojant ir neutralizuojant patogenus (virusus, bakterijas) ir navikines ląsteles. Virškinamajame trakte aptinkama apie 70 proc. organizmo imuninės sistemos komponentų.  Virškinamojo trakto poepiteliniame jungiamajame audinyje yra daug difuziškai pasklidusių limfocitų, vietomis būna ir limfinių mazgelių ar jų grupių. Folikulų daugėja po gimimo, tai susiję su antigenų poveikiu. Antigenai aktyvina po epiteliu esančius B limfocitus, sukelia jų vešėjimą, dalijimąsi – formuojasi limfiniai mazgeliai. Virškinimo organuose aptinkami šie imuninės sistemos gynybos elementai:

1. Tonzilės (migdolai) – tai limfoidinio audinio sankaupos gerklės ir ryklės srityje, sudarantys žiedą (ryklės, gomurio, liežuvio, vamzdinės tonzilės). Vystosi iš mezenchimos. Visų tonzilių struktūra panaši: jos sudarytos iš poepiteliniame jungiamajame audinyje esančių limfoidinio audinio masių, padengtos epiteliu, kuris gali įlinkti į poepitelinį jungiamąjį audinį ir formuoti kriptas. Limfoidinį audinį sudaro pirminiai ir antriniai limfiniai mazgeliai. Jame gausu limfocitų ir priedinių ląstelių, tokių kaip makrofagai, tinklinės ląstelės. Jos padeda išvengti gerklės ir viršutinių kvėpavimo takų infekcijos – sintetinami IgA ir IgG. Ląstelės yra pasiskirsčiusios tinkliniame jungiamajame audinyje. Tonzilių srityje gausu kraujagyslių, limfagyslių, seilių liaukų sekrecinių dalių. Virškinimo organuose skiriamos šios tonzilės:

a) adenoidai (ryklės tonzilės): turi viršutiniams kvėpavimo takams būdingą tariamai daugiasluoksnį blakstienotąjį stulpinį epitelį (ląstelių sluoksnis vienas, bet branduoliai išsidėstę keliais sluoksniais); nepilnai inkapsuliuotos; nėra kriptų.

b) gomurinė tonzilė: turi neragėjantį daugiasluoksnį epitelinį sluoksnį, kurio paviršiniai epiteliocitai yra plokšti; nepilnai inkapsuliuotos; yra kriptų.

c) liežuvio tonzilė: yra liežuvio šaknies srityje, turi neragėjantį daugiasluoksnį epitelinį sluoksnį; nepilnai inkapsuliuota; yra kriptų.

2. Klubinei žarnai būdingi grupinių limfinių mazgelių (Pejerio plokštelių) telkiniai. Tai gana dideli (nuo kelių mm iki kelių cm dydžio) limfoidinio audinio telkiniai. Jų esti 20-50. jie užima didžiąją dalį pogleivio darinio ir, dažnai pertraukdami raumeninį gleivinės dangalą, pereina į poepitelinį jungiamąjį audinį. Kartais limfocitai pasiekia gleivinę dengiantį epitelį.

3. Storajai žarnai taip pat būdingos Pejerio ląstelės.

4. mažesni limfiniai mazgeliai aptinkami apendikse. Antigenui patekus į šiuos mazgelius, jame esantys limfocitai veša, virsta imunoblastais, kurie plinta per pasaitų limfmazgius, išskirdami IgA.

5. Nedideli limfoidinio audinio telkiniai stemplėje. Jie yra gausiausiai išsidėstę aplink ištekamuosius liaukučių latakus.

6. Difuziškai pasiskirstę limfocitai ir plazmocitai, sintetinantys IgA, randami žarnų savojoje plokštelėje (lamina propria – yra po epiteliu, iš jungiamojo audinio, turi kapiliarų, limfagyslių). Tarp epitelinių ląstelių – T limfocitai.

7. Pagyvenusių žmonių skrandyje taip pat kaupiasi limfoidinis audinys.